Модели на основе коэкспрессии улучшают прогнозирование eQTL для транскриптомных ассоциативных исследований и выявляют новые гены, связанные с шизофренией

Большинство генетических вариантов, связанных с комплексными фенотипами, находятся в некодирующих областях и влияют на риск заболеваний через регуляцию экспрессии генов. Однако стандартные транскриптомные подходы учитывают только локальные (cis) эффекты. В работе показано, что включение дистальных (trans) регуляторных эффектов улучшает прогнозирование экспрессии генов. Используя данные РНК-секвенирования шести посмертных областей мозга, разработаны модели INGENE и MODULE, которые интегрируют влияние кандидатных trans-вариантов в сетях коэкспрессии. Применение к данным Psychiatric Genomics Consortium выявило 766 генов, ассоциированных с шизофренией, из которых 641 ранее не были известны.